La structure de gouvernance de CABRI est composée de l’Assemblée générale, du Comité directeur et du Secrétariat.

L’Assemblée générale
L’Assemblée générale est l’autorité suprême de prise de décision de la CABRI. Elle est composée de tous les États membres de la CABRI.

Le Comité directeur
La responsabilité principale du Comité directeur est de fournir des directives stratégiques à l’organisation afin qu’elle réalise ses objectifs. Il consiste des six pays membres fondateurs de CABRI, y compris Maurice, le Mozambique et l'Ouganda.

Le Secrétariat
Le rôle principal du Secrétariat est la prise en charge de la gestion quotidienne de la CABRI.