A estrutura administrativa da CABRI é composta dos seguintes órgãos:

A Assemblia Geral
A Assembleia Geral é o órgão superior de decisão da CABRI. Integra todos os Estados Membros da CABRI.

O Comité Directivo
A responsabilidade primordial do Comité Directivo é a de proporcionar orientação estratégica à organização na consecução dos seus objectivos. O Comité consiste em os seis países fundadores mais Maurícias, Moçambique e Uganda.

O Secretariado
O Secretariado tem como função principal a responsabilidade pela administração quotidiana da CABRI. O Secretariado será composto do Secretário Executivo e demais funcionários que venham a ser nomeados pelo Comité Directivo, que é responsável por fixar o número dos quadros bem como os termos e as condições dos funcionários do Secretariado.